Компания Nord Stream провела подробные исследования морского дна вдоль трассы газопровода. С 2005 по 2009 гг. компания Nord Stream проводила поэтапные исследования морского дна с целью получения наиболее детальных сведений о затопленных боеприпасах в коридоре укладки газопровода и в местах якорных стоянок. Объем градиометрических и визуальных исследований составил более 6 000 километров, а геофизических изысканий - более 40 000 километров. Применяемая технология позволяет идентифицировать металлические объекты размером менее 10 сантиметров.

Потенциально опасные объекты были изучены независимыми экспертами. В сентябре 2007 г. компания Nord Stream пригласила специалистов в области геологии и биологии, представителей вооруженных сил, а также экспертов в области исследований морского дна и мест захоронений боеприпасов стран Балтийского моря для обсуждения методики исследований. После завершения исследований в октябре 2008 г. в рамках двухдневного семинара состоялась повторная встреча этой же группа для обсуждения результатов и проработки данных Nord Stream.