Nord Stream genomförde rigorösa undersökningar av havsbotten längs sträckningen. Mellan 2005 och 2009 undersökte Nord Stream havsbotten i olika steg för att samla in detaljerade uppgifter om dumpade stridsmedel inom de planerade installations- och ankringskorridorerna. Drygt 40 000 kilometer undersöktes geofysiskt och drygt 6 000 kilometer med gradiometer och visuella inspektioner. Den teknik som användes kan identifiera metallföremål som bara är 10 centimeter.

Potentiellt farliga föremål bedömdes av oberoende experter. Nord Stream inbjöd även geologer, biologer, militärer samt ammunitions- och kartläggningsexperter från Östersjöländerna för att diskutera upplägget av undersökningarna i september 2007. När undersökningarna var klara samlades samma grupp återigen i oktober 2008 för att diskutera resultaten och granskningen av Nord Streams data under ett två dagar långt seminarium.